La Squadra Pinguini, formata dagli insoliti eroi dello zoo – Skipper, Kowalski, Rico e Soldato – ha ricevuto l’incarico di nuove folli missioni. I Pinguini devono fare leva sul gioco di squadra per completare i vari livelli e costruire strumenti e gadget per avanzare nel gioco. Pieno di intriganti enigmi da risolvere, il giocatore si alterna tra i vari Pinguini, che si esibiscono in mosse acrobatiche, aprono nuovi sentieri e creano utili congegni.
I Pinguini del Madagascar, il videogioco
Il gioco si caratterizza anche per missioni segrete, folli momenti interattivi, livelli bonus e mini giochi.

Una speciale videocamera DSi include le insolenti e divertenti critiche da parte di King Julien alle foto dei giocatori.